La bandera de la Región Aysén del General Carlos Ibáñez del Campo, de carácter no oficial, consiste de un fondo blanco en proporción 2:3 y en cuyo centro se ubica el escudo regional, el cual presenta a un arriero montando un caballo junto a un perro a través de una pradera, mientras al fondo se ve un fiordo y unos cerros. El escudo tiene un borde dorado junto a copos de nieve en blanco. Este emblema, diseñado hacia 1993, está presente en la entrada del Congreso Nacional de Chile junto a la bandera de las otras 14 regiones del país.

El intendente y el Consejo regional, en tanto, utilizan el estandarte tradicional de los gobiernos regionales, que corresponde a un lienzo azul en 2:3 con el escudo nacional en su parte central, rodeado de un círculo dorado que indica "Ministerio del Interior - Aysén".^[1]​

El pabellón regional originalmente era con fondo azul y el escudo era de color blanco en su parte externa a diferencia del actual dorado.